A inibição da mTOR pela rapamicina pode levar a taxas de síntese proteica alteradas, afectando potencialmente as proteínas que dependem deste processo para a sua expressão ou função. Os inibidores da histona desacetilase, como a tricostatina A, provocam alterações na estrutura da cromatina e na expressão dos genes, o que, por sua vez, pode influenciar a produção e a função de numerosas proteínas, incluindo a LOC646823. O ibrutinib e o ABT-199 interrompem a sinalização nas células B e nas vias apoptóticas, respetivamente, o que pode ter amplos efeitos nas funções das proteínas associadas a estes processos.
Os inibidores da tirosina quinase, como o Erlotinib e o Sorafenib, têm efeitos abrangentes devido ao papel dos seus alvos na proliferação, diferenciação e angiogénese celulares. A inibição do NF-κB pela curcumina tem impacto na transcrição de uma variedade de genes, o que pode ter efeitos subsequentes nas proteínas reguladas por este fator. A ciclopamina, ao visar a via do ouriço, afecta processos centrais para a diferenciação e proliferação celular. A estaurosporina, como inibidor de quinase de largo espetro, pode ter efeitos extensos e de longo alcance nas vias de sinalização celular, alterando potencialmente a função de uma multiplicidade de proteínas. Por último, a inibição da 5-lipoxigenase pelo Zileuton afecta a síntese de leucotrienos, que são importantes na resposta inflamatória e podem afetar indiretamente as funções das proteínas relacionadas com esta via.
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