L'inibizione di mTOR da parte della rapamicina può portare a un'alterazione dei tassi di sintesi proteica, con un potenziale impatto sulle proteine che dipendono da questo processo per la loro espressione o funzione. Gli inibitori dell'istone deacetilasi, come la tricostatina A, determinano cambiamenti nella struttura della cromatina e nell'espressione genica, che a loro volta possono influenzare la produzione e la funzione di numerose proteine, tra cui LOC646823. Ibrutinib e ABT-199 interrompono la segnalazione all'interno delle cellule B e le vie apoptotiche, rispettivamente, e possono avere ampi effetti sulle funzioni delle proteine associate a questi processi.
Gli inibitori delle tirosin-chinasi, come Erlotinib e Sorafenib, hanno effetti ad ampio raggio grazie al ruolo dei loro bersagli nella proliferazione, differenziazione e angiogenesi cellulare. L'inibizione di NF-κB da parte della curcumina influisce sulla trascrizione di una serie di geni, con effetti a valle sulle proteine regolate da questo fattore. La ciclopamina, mirando alla via di Hedgehog, influisce sui processi centrali della differenziazione e della proliferazione cellulare. La staurosporina, in quanto inibitore di chinasi ad ampio spettro, può avere effetti estesi e di vasta portata sulle vie di segnalazione cellulare, alterando potenzialmente la funzione di una moltitudine di proteine. Infine, l'inibizione della 5-lipossigenasi da parte di Zileuton influisce sulla sintesi dei leucotrieni, importanti nella risposta infiammatoria, e può influenzare indirettamente le funzioni delle proteine correlate a questa via.
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