cAMPレベルを上昇させるフォルスコリンと、細胞内カルシウムを増加させるイオノマイシンは、どちらも二次メッセンジャーレベルを変化させることにより、タンパク質活性の変化を引き起こす活性化因子の一例である。PMAのような物質はPKCを活性化し、PKCは広範な標的タンパク質をリン酸化し、その機能を調節する可能性がある。オルトバナジン酸ナトリウムがタンパク質チロシンホスファターゼを阻害することで、チロシンリン酸化シグナルが増強され、この翻訳後修飾によって制御されているタンパク質に影響を及ぼす可能性がある。
PI3K阻害剤であるLY294002とwortmanninは、mTOR阻害剤であるラパマイシンとともに、シグナル伝達経路の遮断が、下流のシグナル伝達事象を阻止することによって、間接的にタンパク質の活性に影響を与えることを示している。同様に、SB203580とU0126は、PD98059とともにMAPK経路成分の阻害剤であり、この経路によって制御されているタンパク質の活性に変化をもたらす可能性がある。AICARによるAMPKの活性化は、タンパク質の機能制御における代謝状態の役割を浮き彫りにし、細胞内のエネルギーバランスがいかにタンパク質の活性を調節する重要な要因となりうるかを示している。補酵素としての亜鉛イオンは、多くの酵素の触媒活性に必須であり、様々なタンパク質の立体構造や活性に影響を与えることから、タンパク質の機能における金属イオンの重要性を強調している。
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