Gli inibitori di FLJ37644, ad esempio, la staurosporina e altri inibitori delle chinasi influenzano la fosforilazione delle proteine, che è una comune modificazione post-traslazionale che può regolare l'attività delle proteine, la loro localizzazione e l'interazione con altre molecole. LY294002, inibendo la PI3K, può modificare numerose cascate di segnalazione, influenzando potenzialmente le proteine regolate direttamente o indirettamente dall'attività della PI3K. La rapamicina, inibendo mTOR, può avere un ampio impatto sulla crescita e sul metabolismo cellulare, influenzando le proteine sotto il controllo della segnalazione di mTOR. La ciclopamina e l'SB431542 modulano vie di segnalazione cruciali per la comunicazione cellulare e possono quindi influenzare un'ampia gamma di proteine regolate da tali vie.
Gli inibitori della via MAPK/ERK, come PD98059 e U0126, influenzano l'attività delle proteine di questa via, fondamentale per la proliferazione, la differenziazione e la risposta agli stimoli esterni. Gli inibitori del proteasoma, come bortezomib e MG132, possono impedire la degradazione delle proteine, con conseguente accumulo e potenziale disregolazione delle proteine all'interno della cellula. Z-VAD-FMK, in quanto inibitore della pan-caspasi, può impedire la morte cellulare programmata, influenzando così le proteine che inducono o sono coinvolte nell'apoptosi. SP600125, inibendo JNK, può alterare la segnalazione della risposta allo stress e le risposte infiammatorie all'interno delle cellule. La tapsigargina altera l'omeostasi del calcio, importante per le proteine che dipendono dal calcio o sono regolate dalla segnalazione del calcio.
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