FASTKD3-Inhibitoren sind in erster Linie darauf ausgelegt, in mitochondriale Prozesse einzugreifen, da FASTKD3 mit dem mitochondrialen RNA-Stoffwechsel verbunden ist. Rotenon, Antimycin A und Oligomycin sind Vertreter von Verbindungen, die spezifische Komplexe innerhalb der mitochondrialen Elektronentransportkette direkt hemmen. Ihre hemmende Wirkung kann einen Kaskadeneffekt auf den mitochondrialen Stoffwechsel auslösen, der wiederum die Funktion und Rolle von FASTKD3 in der Zelle beeinflussen kann.
Andererseits zielen einige Verbindungen wie Chloramphenicol und Actinonin auf die mitochondriale Proteinsynthese und -reifung ab. Der Mechanismus von Chloramphenicol besteht in der Hemmung der mitochondrialen Proteinsynthese, was indirekt die Rolle von FASTKD3 im mitochondrialen RNA-Stoffwechsel beeinflussen kann. Actinonin greift in die Proteinreifung ein, was sich ebenfalls auf die Funktion von FASTKD3 auswirken kann.
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