CCDC124阻害剤は、様々なシグナル伝達経路や細胞プロセスを標的とすることで、間接的にタンパク質CCDC124の活性に影響を与える多様な化合物群である。例えば、スタウロスポリンは幅広いキナーゼ阻害剤であり、様々なタンパク質のリン酸化を低下させることにより、間接的にCCDC124の活性を低下させることができる。サイクリン依存性キナーゼを標的とするアルスターパウロンは、細胞周期と転写機構を停止させ、CCDC124の機能を制御する、あるいはCCDC124の機能に必要なタンパク質の活性を低下させる可能性がある。このメカニズムは、CCDC124の活性が細胞周期の進行中にCDKによって調節されるタンパク質と密接に関連していることを想定している。
Bisindolylmaleimide IやGö 6983のような他の化合物は、プロテインキナーゼCの特定のアイソフォームを阻害し、CCDC124の活性を調節するタンパク質のリン酸化状態を変化させる可能性がある。PP2によるSrcファミリーキナーゼやソラフェニブによる標的キナーゼのようなプロテインキナーゼの効果的な阻害は、CCDC124の機能状態に寄与するシグナル伝達経路の活性を低下させる可能性がある。
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