Gli inibitori chimici di C1orf156 possono esercitare la loro azione inibitoria attraverso molteplici meccanismi, in primo luogo colpendo l'attività di metiltransferasi che è centrale per la funzione di C1orf156. La sinefungina, un noto inibitore delle metiltransferasi, può inibire direttamente la funzione di metilazione di C1orf156 competendo con il sito di legame della S-adenosilmetionina (SAM), un donatore critico di metile per questi enzimi. Analogamente, l'adenosina dialdeide agisce inibendo la S-adenosilomocisteina idrolasi, portando all'accumulo di S-adenosilomocisteina, un potente inibitore dei processi di metilazione, ostacolando così l'attività enzimatica di C1orf156. Composti come il BIX-01294 e la chaetocina, sebbene inizialmente caratterizzati per i loro effetti inibitori su altre metiltransferasi istoniche specifiche, possono inibire anche il C1orf156 a causa delle somiglianze nei siti catalitici e nei meccanismi di queste famiglie di enzimi.
Inoltre, la metiltioadenosina, un sottoprodotto della sintesi delle poliammine, può inibire C1orf156 imitando la struttura dei substrati nativi dell'enzima, bloccandone così il sito attivo. RG108, pur essendo un inibitore diretto delle metiltransferasi del DNA, potrebbe estendere la sua azione inibitoria anche a proteine come C1orf156 a causa della sovrapposizione delle vie biochimiche che coinvolgono la metilazione. La decitabina e l'azacitidina, entrambi analoghi nucleosidici della citidina, inibiscono le metiltransferasi del DNA e quindi potrebbero inibire indirettamente C1orf156 attraverso una riduzione generale dell'attività di metilazione all'interno della cellula. Il disulfiram, con le sue proprietà di legare i metalli, può inibire C1orf156 interrompendo l'attività catalitica metallo-dipendente che è spesso una caratteristica degli enzimi metiltransferasi. Anche l'acido anacardico, noto inibitore delle istone acetiltransferasi, può inibire le metiltransferasi come C1orf156 legandosi al sito attivo o alterando la conformazione dell'enzima. La quercetina e l'epigallocatechina gallato, noti per il loro ampio spettro di inibizione delle chinasi, possono inibire C1orf156 a causa della natura conservata dei siti di legame in queste famiglie di proteine, impedendo così la corretta attività enzimatica di C1orf156.
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