C17orf59活性化因子の領域は、エンドソームとリソソームを取り巻く細胞プロセスの複雑な作用に大きく依存している。リソソームのpHを調節することで知られるクロロキンや、液胞型H+-ATPaseの特異的阻害剤であるバフィロマイシンA1は、いずれもリソソームの機能性に波及効果をもたらし、BORCS6に関連するプロセスに影響を与える。BORCS6とこれらのオルガネラとの関連を考えると、細胞内コレステロール輸送を阻害するU18666Aのような化学物質は、BORCS6の活性に間接的な影を落とす可能性がある。
エンドサイトーシスと小胞輸送は、BORCS6が関連する経路において中心的な役割を果たしている。このため、エンドサイトーシス過程の様々な構成要素を標的とするワートマンニン、ダイナソア、EIPAなどの薬剤が脚光を浴びている。これらの化合物がエンドサイトーシスと小胞移動に及ぼす影響は、BORCS6の活性調節を助長する環境を作り出す。同様に、ゲニステインとLY294002は、特定の細胞内キナーゼを阻害することにより、エンドサイトーシス環境を形成し、間接的にBORCS6プロセスを誘導する。
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