A adenosina 3',5'-monofosfato cíclico, um mensageiro secundário ubíquo, pode ativar a proteína quinase A, desencadeando uma cascata de fosforilação que pode alterar a função de diversas proteínas. O galato de epigalocatequina, mais do que um simples antioxidante, tem a capacidade de influenciar a via do NF-κB, afectando potencialmente a atividade de numerosas proteínas. O butirato de sódio e a curcumina são compostos que alteram a expressão dos genes através da interação com a maquinaria epigenética ou da modulação de vias de sinalização celular importantes, como a MAPK. Estas alterações da expressão genética ou da modificação proteica podem ter efeitos de grande alcance na atividade das proteínas. O resveratrol, ao ativar a SIRT1, e a ionomicina, através do seu impacto nos níveis de cálcio intracelular, exemplificam as diversas estratégias através das quais as funções celulares podem ser reguladas, afectando direta ou indiretamente a atividade das proteínas.
A ativação da proteína quinase C por ésteres de forbol, como o PMA, ilustra mais uma via para a modulação das proteínas, enquanto inibidores como o LY294002 e o PD98059, que têm como alvo nós de sinalização fundamentais como a PI3K e a MEK, sublinham a interligação das vias celulares e o seu impacto coletivo na função das proteínas. A complexidade destas vias é ainda realçada por compostos como o SP600125 e o SB203580, que modulam as vias JNK e p38 MAPK, oferecendo uma perspetiva sobre a forma como a especificidade da sinalização se pode traduzir numa atividade proteica diferencial. Finalmente, a inibição da mTOR pela rapamicina assinala uma profunda interação entre o crescimento celular, a síntese proteica e a regulação da atividade.
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