Los inhibidores de BLOS3 son sustancias químicas conocidas por afectar indirectamente a la función o la biogénesis de los orgánulos lisosomales, dado el papel de BLOS3 en tales procesos. Una de las principales formas en que estos compuestos ejercen su influencia es modulando el pH dentro del lisosoma, crucial para sus funciones enzimáticas. Por ejemplo, la cloroquina y la hidroxicloroquina son agentes lisosomotrópicos que elevan el pH dentro de los lisosomas, lo que posiblemente afecta a proteínas como BLOS3 implicadas en la biogénesis lisosomal. Del mismo modo, compuestos como la Bafilomicina A1 y la Concanamicina A obstaculizan la H+-ATPasa vacuolar, inhibiendo la acidificación del lumen lisosomal.
El papel del lisosoma en la degradación de proteínas también es objeto de inhibidores. La leupeptina, la pepstatina A y el E64d son inhibidores de la proteasa que dificultan los procesos de degradación de las proteínas lisosomales y, por tanto, pueden afectar a las proteínas implicadas en la función o la biogénesis del lisosoma. Además, la vía de la fosfatidilinositol 3-quinasa (PI3K), crítica para la autofagia y los procesos lisosomales, es inhibida por compuestos como la 3-metiladenina (3-MA), la wortmannina y el LY294002. Al alterar la autofagia, estos compuestos pueden afectar indirectamente a la biogénesis lisosomal y a proteínas como BLOS3.
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