Gli inibitori di Atg4D sono costituiti da un gruppo eterogeneo di composti chimici che interferiscono con il flusso autofagico, inibendo così indirettamente l'attività proteolitica di Atg4D sulle proteine correlate a LC3, essenziale per il processo autofagico. Ad esempio, gli inibitori della H+-ATPasi vacuolare, come la Concanamicina A e la Bafilomicina A1, impediscono l'acidificazione dei lisosomi, un passaggio necessario per la fusione degli autofagosomi con i lisosomi. Senza un'adeguata acidificazione, la degradazione dei substrati autofagici è compromessa, il che a sua volta può influenzare l'attività di Atg4D. Atg4D è fondamentale per preparare le proteine legate a LC3 attraverso la delipidazione, un processo che consente il riciclo di queste proteine e la promozione di ulteriori eventi autofagici.
Altri composti, come la clorochina e la 3-metiladenina, inibiscono l'autofagia con meccanismi diversi. La clorochina aumenta il pH delle vescicole intracellulari, interrompendo la maturazione degli autofagosomi, mentre la 3-metiladenina inibisce la classe III PI3K, impedendo la formazione degli autofagosomi in una fase iniziale.
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