APXLの化学的阻害剤は、その機能にとって重要な細胞内プロセスの様々な側面を標的とする。例えばブレフェルジンAは、APXLが関与していることが知られている小胞輸送に極めて重要なゴルジ体の構造と機能を破壊する。ゴルジ装置を障害することにより、ブレフェルジンAは小胞の適切な選別と輸送を阻害し、小胞輸送におけるAPXLの機能を阻害することができる。同様に、ダイナソアはGTPaseダイナミンを標的とする。ダイナミンはエンドサイトーシス中の小胞の分裂に必須である。ダイナミンを阻害するとエンドサイトーシス小胞形成がうまくいかなくなり、間接的にAPXLが膜輸送の役割を果たせなくなる。シトカラシンDとラトルンクリンAはともに、細胞の形を維持し、様々な細胞運動を可能にするのに不可欠なアクチン細胞骨格を破壊する。アクチンフィラメントを不安定にすることで、これらの化学物質はAPXLが仲介するものを含め、細胞骨格に依存する細胞プロセスを妨げる可能性がある。
別の点では、ノコダゾールは微小管を標的とし、その重合を阻害するため、APXLが関与すると思われる細胞内輸送機構を阻害する可能性がある。これとは対照的に、ファロイジンはアクチンフィラメントを安定化させ、細胞骨格ダイナミクスの異常を引き起こし、結果としてAPXLが関与する細胞内プロセスを阻害する可能性がある。エンドサイトーシス輸送に影響を与えるエンドシジン2もまた、APXLの機能に不可欠な小胞経路を破壊する可能性がある。ツニカマイシンによるN-結合型グリコシル化の阻害は、膜タンパク質の適切なフォールディングと機能を破壊し、APXLの膜関連活性を阻害する可能性がある。クロルプロマジンは膜脂質の構成を変化させ、それによって膜関連プロセスにおけるAPXLの役割に影響を与える可能性がある。モネンシンはゴルジ体の機能を破壊し、これは小胞の選別と輸送におけるAPXLの役割に干渉するもう一つの潜在的なポイントである。硫酸ネオマイシンは、膜輸送に重要なホスホイノシチドシグナル伝達を阻害し、APXLの活性阻害につながる可能性がある。最後に、チロシンキナーゼ阻害剤としてのゲニステインは、APXLがその一部である可能性のあるシグナル伝達経路を破壊し、それによってその機能を阻害する可能性がある。
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