As substâncias químicas classificadas como inibidores do PRR23A3 não estão a inibir diretamente o PRR23A3, mas podem influenciar os processos biológicos e as vias de sinalização que se podem cruzar com a paisagem funcional do PRR23A3. Dado o papel das proteínas quinases na transdução de sinais e na regulação de uma miríade de processos celulares, os inibidores como a Genisteína, o LY294002 e o PD98059 podem modificar a atividade de várias quinases, alterando assim as vias de sinalização de que o PRR23A3 pode fazer parte. Estas alterações na atividade das cinases podem levar à modificação dos programas de transcrição e das respostas celulares, afectando potencialmente a função do PRR23A3.
Além disso, os meandros da sinalização celular envolvem várias camadas de regulação. Compostos como a rapamicina e o Y-27632 têm como alvo componentes-chave das vias de crescimento e de organização do citoesqueleto, respetivamente, que são fundamentais para a função e o comportamento das células. Ao alterar estas vias, os produtos químicos podem influenciar indiretamente o contexto funcional em que o PRR23A3 opera. Além disso, os inibidores específicos das vias, como o IWP-2, o DAPT, a ciclopamina e o XAV939, visam a produção ou a atividade de moléculas de sinalização nas vias Wnt, Notch e Hedgehog, respetivamente.
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